IRC FAQ - Eclipsepedia
.projectファイルに以下のセクションを追加する。

<buildSpec>
    <buildCommand>
        <name>org.eclipse.php.core.PhpIncrementalProjectBuilder</name>
        <arguments></arguments>
    </buildCommand>
    <buildCommand>
        <name>org.eclipse.wst.validation.validationbuilder</name>
        <arguments></arguments>
    </buildCommand>
</buildSpec>
<natures>
    <nature>org.eclipse.php.core.PHPNature</nature>
</natures>