$ sudo port upgrade outdated

とやると、アップデートのあるportsをすべてまとめてアップグレードできるが、特定のportsはアップグレードしたくない場合は、以下のように演算子を使って指定できる。
例: PHP関連はアップグレードしたくない場合

$ sudo port upgrade outdated and not php*

Excluding packages from MacPorts operations | The Gippy Pages