innodb_log_file_size を変更する場合は、ログファイルをいったん削除して再作成する必要がある。
具体的には以下のような手順になる。

my.cnfを編集

/etc/my.cnf

[mysqld]
innodb_buffer_pool_size=512M
innodb_log_file_size=128M

シャットダウンと同時にテーブルスペースへデータを反映させるよう設定

$ mysql -u root -p
mysql> SET GLOBAL innodb_fast_shutdown=0;

mysqldを停止

# /etc/init.d/mysqld stop

ログをリネーム

# cd /var/lib/mysql/
# mv ib_logfile0 ib_logfile0.bak
# mv ib_logfile1 ib_logfile1.bak

mysqldを開始

# /etc/init.d/mysqld start

MySQLの「innodb_buffer_pool_size」と「innodb_log_file_size」の設定 - FlatLabs